Canon cho người dùng 5D Mark III nâng cấp lên phiên bản firmware mới v1.1.3 giúp máy sửa một số lỗi cũng như thêm khả năng tương thích với các ống kính mới:

• Tương thích tốt hơn với ống kính mới EF40mm f/2.8 STM vừa được hãng giới thiệu vào cuối tháng này.
• Khắc phụ hiện tượng hình ảnh bị thiếu sáng khi sử dụng Auto Lighting Optimizer trong chế độ chụp liên tiếp Auto Exposure Bracketing (AEB).
• Khắc phụ hiện tượng đèn nền màn hình LCD không tự tắt trong một số tinh chỉnh của máy và để trong thời gian nhất định.
• Khắc phụ hiện tượng máy ảnh có thể không khởi động khi một số ống kính siêu tele (EF 300mm F2.8L IS II USM / EF 400mm F2.8L IS II USM) gắn vào với bộ mở rộng (Extender EF 1.4X III / Extender EF 2X III).
• Sửa lỗi ngôn ngữ với các tiếng Hà Lan, Ý, Hàn Quốc, Na Uy, Ba Lan và Thụy Điển.

Phiên bản 1.2.1 được đưa ra vào 30-4-2013 nhằm cải thiện đầu ra video không nén qua HDMI và hỗ trợ lấy nét ở khẩu f/8.[5]Firmware 1.2.3 được ra mắt 30-10-2013Firmware 1.3.3 ra mắt vào ngày 29 tháng 1 năm 2015, sửa lại một số vấn đề trong menu và cải thiện khả năng lấy nét tự động khi chụp ở chế độ live view với các ống góc rộng.